蜂巢的保存方法主要取決於是否含有蜂蜜以及環境條件。以下是幾種常見的蜂巢保存方法：
低溫保存。將蜂巢放在冰櫃的冷藏室中，可以保存3個月左右。如果放到冷凍室，則可以保存一兩年不變質。在存放前，最好先用保鮮膜包裹蜂巢。
常溫保存。如果蜂巢含有蜂蠟和蜂膠，這些成分具有一定的殺菌防腐作用，在常溫下可以保存十到十五天。
乾燥、避光和避水。存放蜂巢的環境應乾燥、避光，並避免水分接觸。容器最好為玻璃或陶瓷材質，以防止蜂巢與塑膠或金屬容器接觸可能導致的變質。
密封保存。無論在哪種環境下保存蜂巢，都應確保容器密封良好，避免空氣和水分進入。
此外，不帶蜂蜜的老蜂巢應保存在乾燥通風的環境中，遠離陽光直射。需要注意的是，蜂巢開啟後容易出現串味，應遠離刺激性物質。